Après un premier diplôme en Musicologie et Histoire des Religions à Genève, Capucine Keller obtient, avec les félicitations du jury, un Bachelor of Arts puis un Master d’Interprétation dans la classe de Brigitte Balleys à la Haute Ecole de Musique de Lausanne.
Sur scène, on a pu la voir dans plusieurs rôles d’opéra baroques (Valletto dans L’Incoronazione di Poppea de Monteverdi, Ninfa, La Musica et Euridice dans l’Orfeo de Monteverdi, de la Second Witch et de la Second Woman dans Dido and Aeneas de Purcell, Vittoria Archilei, Anfitrite et Armonia dans La Pellegrina, La Folie et Clarine dans Platée de Rameau, Gioconda dans La Critica de Jommelli), mais également contemporains dont les rôles principaux de deux créations : Alice et les sortilèges (rôle d’Alice), une œuvre de Robert Clerc commandée par l’Orchestre de Chambre de Lausanne et Psychose 4.48 (rôle d’Elle) de Blaise Ubaldini.
Ayant une affinité particulière pour la musique ancienne, elle chante également en concert et dans de nombreux enregistrements avec notamment Chiome d’Oro, dont elle est l’un des membres fondateurs, mais également la Cappella Mediterranea, Elyma, Clematis, Les Alizés, Les Traversées Baroques, L’Ensemble Clément Janequin, Geneva Camerata, Le Concert Impromptu, l’ensemble Consonance, etc. Capucine Keller est également Directrice artistique du Festival La Folia à Rougemont (Suisse) depuis 2015.