Sébastien Wonner a étudié le clavecin et la basse continue avec Aline Zylberajch et Martin Gester au Conservatoire de Strasbourg. Organiste, il a travaillé cet instrument avec André Stricker et Christophe Mantoux. Son intérêt pour l’improvisation l’amène à recevoir les conseils et à travailler avec Freddy Eichelberger. Il bénéficiera également des leçons de Pierre Hantaï.
Son goût l’amène à fréquenter souvent la musique du XVIIème siècle et la musique vocale avec des ensembles tels la Chapelle Rhénane, Consonance, Doulce Mémoire, La Rêveuse, les Witches, l’ensemble Clément Janequin, Akâdemia ou les Sacqueboutiers avec qui il a enregistré plusieurs disques (Symphoniae sacrae, Magnificat d’Uppsala, Musikalische Exequien, Weihnachtshistorie de H. Schütz, Motets de Samuel Capricornus, Membra Jesu Nostri, Sonates et Cantates de Dietrich Buxtehude, Dolci Affetti, Madrigaux de P. Verdelot…). Un album consacré à la musique de clavecin solo de J.P. Sweelinck a été salué par la critique. Soliste ou chambriste, il recherche surtout la diversité des expériences sur toutes sortes d’instruments (orgues historiques, clavicordes,…) y compris dans des répertoires peu fréquentés ou en improvisation.
Ses voyages l’ont amené à jouer en Amérique du Sud, au Japon et dans beaucoup de pays d’Europe mais c’est à Tours qu’il enseigne avec passion le clavecin au sein du Département de Musique Ancienne du Conservatoire à Rayonnement Régional.